Der Hauptcharakter erwacht in einem Kerker des Magiers Joneleth ‘Jon’ Irenicus. Dieser war ehemals Mitglied der Elfengemeinschaft in Suldanessalar, wurde von dieser jedoch ausgestoßen und trachtet mittlerweile nach einem Teil der göttlichen Essenz der Bhaalskinder. Mit der gewonnenen Macht plant er, einen Rachefeldzug gegen Suldanessalar zu führen und anschließend zu einem Gott aufzusteigen.
Der Hauptcharakter wird von seiner Halbschwester Imoen befreit und kann aus dem Verlies entkommen. Er findet sich in Athkatla wieder, der Hauptstadt des südlich von Baldurs Tor gelegenen Reiches Amn. Der Spieler entschließt sich, seinen Peiniger zur Verantwortung zu ziehen. Er erkundet zunächst die Stadt und das Umland Athkatlas. Dabei erfährt er auch weitere Details über seine Abstammung.
Das Erbe Bhaals drückt sich in Form von Träumen aus, die den Hauptcharakter im Verlauf mehrfach heimsuchen. Im späteren Verlauf verwandelt er sich außerdem in ein tödliches, fremdartiges Monstrum, das an das Wesen seines göttlichen Vaters Bhaal angelehnt ist. Es droht mit jeder Verwandlung eine immer stärkere Annäherung an den Charakter seines göttlichen Erzeugers. Das Spiel endet mit der zentralen Auseinandersetzung des Hauptcharakters mit Irenicus in der Elfenstadt Suldanessalar.
Die Veröffentlichung war ein kommerzieller Erfolg und das Spiel wurde mehrfach als Rollenspiel des Jahres 2000 ausgezeichnet. Eine Erweiterung erschien am 21. Juni 2001 unter dem Titel Baldur’s Gate 2: Throne of Bhaal.