In Minecraft gibt es insgesamt drei Spielmodi: den Überlebensmodus, in dem der Spieler Ressourcen sammeln muss und eine Gesundheitsleiste hat, den Kreativ-Modus, in dem es keine Gesundheit gibt und dem Spieler unbegrenzte Mengen an Ressourcen zur Verfügung stehen, und den Hardcore-Modus, welcher die selben Eigenschaften aufweist wie der Überlebensmodus. Er erschwert es aber dem Spieler, durch beispielsweise mehr Gegner und nur einem Leben.
Minecraft ist ein Open-World-Spiel ohne ein fest vorgegebenes Spielziel. Das Hauptaugenmerk liegt auf der Erkundung und Entdeckung der von Höhlen und Dungeons durchzogenen Spielwelt sowie dem Bau eigener Gebäude und Vorrichtungen. Der Spieler kann Rohstoffe abbauen („Mine“), diese zu anderen Gegenständen weiterverarbeiten („Craft“) und gegen Monster kämpfen. Das Spiel gibt allerdings eine Reihe von Aufgaben (sogenannte „Erfolge“) vor, die unter anderem den Einstieg in das Spiel erleichtern sollen.
Minecraft wird standardmäßig aus der Egoperspektive, aber mit der Möglichkeit, in die Third-Person-Perspektive zu wechseln, gespielt. Der Spieler kann sich frei in der Minecraft-Spielwelt bewegen. Sie wird prozedural generiert und ist, in der Java-Edition, praktisch unendlich groß (allerdings ab Version 1.7.9 auf einen Rahmen von 60 Millionen Blöcken Breite begrenzt, um Problemen durch die Fließkommaberechnung vorzubeugen; man kann die Welt aber trotzdem als unendlich ansehen). Die Welten in allen anderen Versionen sind räumlich begrenzt. Es lassen sich beliebig viele unterschiedliche Welten abspeichern. Diese bestehen zum größten Teil aus würfelförmigen Blöcken von einem virtuellen Meter Seitenlänge, die nach einem Raster angeordnet sind. Die Blöcke bestehen jeweils aus einem Material, etwa Erde, Holz oder verschiedenen Erzen.
Nahezu alle Blöcke sind abbaubar und können ins Inventar aufgenommen werden. Sie können beinahe überall auf der Welt wieder abgesetzt werden. Blöcke sind zudem in verschiedenen Variationen kombinierbar und ermöglichen so unter anderem den Bau von Werkzeugen, Waffen und Rüstungen. Das Kombinieren der Gegenstände ist ein zentraler Aspekt in Minecraft und wird Crafting genannt. Dabei müssen die Ausgangsmaterialien in einem Craftingfeld nach einem bestimmten Muster angeordnet werden, damit ein bestimmter Gegenstand daraus entsteht. Eine Truhe lässt sich beispielsweise aus einem O-förmigen Muster aus Holz herstellen. Minecraft hat ein Inventar-System, so kann der Spieler maximal 36 unterschiedliche Gegenstand-Stapel tragen.
Beim Tod werden alle im Inventar befindlichen Gegenstände fallengelassen. Nach dem Respawn des Spielers können diese innerhalb einer begrenzten Zeit (5 Minuten) wieder eingesammelt werden. Erfahrungspunkte können durch das Töten von Monstern oder Tieren, durch das Brennen von Erzen und Steinen im Ofen und den Abbau von Erzen erworben werden. Mit den Erfahrungspunkten können Werkzeuge, Rüstungen und Waffen verzaubert oder durch einen Amboss repariert und umbenannt werden. Verzauberte Gegenstände sind meist stärker, halten länger oder haben andere Effekte.
Die Gesetze der Physik sind im Spiel teilweise aufgehoben. Beispielsweise unterliegen die meisten Blöcke während des Bauens nicht der Schwerkraft, sondern schweben scheinbar schwerelos. Wasser und Lava sind die einzigen Flüssigkeiten. Sie können fließen und haben eine Quelle. Diese kann dauerhaft entfernt werden, indem ein fester Block an ihre Stelle gesetzt wird. Schaltkreise können mit Hilfe von Redstone-Kabeln gebaut werden. Diese Kabel ähneln Leiterbahnen und sind in der Lage, Signale zu übertragen. So lässt sich beispielsweise ein Schalter zum Öffnen einer Tür bauen; und sogar ein einfacher Prozessor kann in Minecraft nachgebildet werden.