Der Spieler übernimmt die Steuerung von Amanda Ripley aus der Egoperspektive.
Auf dem Weg durch die Sevastopol begegnen Ripley immer wieder Überlebende und Androiden mit teilweise feindlichen Absichten sowie das Alien. Dieses kann vom Spieler nicht getötet, jedoch mithilfe von improvisierten Geräten vertrieben oder abgelenkt werden. Um eine direkte Konfrontation mit dem Wesen zu vermeiden, kann sich der Spieler verstecken, etwa in einem Schrank oder in einem Lüftungsschacht.
Die KI des Aliens folgt meist keinen vorgegebenen Skripten, was dazu führt, dass es immer andere Wege nimmt und sein Verhalten weitgehend unvorhersehbar ist. An wichtigen Spielabschnitten befinden sich Speicherpunkte.